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本財團法人創設於民國前三十九年（清同治十二年）。由當時台北艋舺地區「王益興行」倡議，並與「李勝發行」「林吉泰行」「吳源昌行」共同出資成立「艋舺同仁堂」，以捐款救濟貧病無依客死他鄉者，並購地充為義塚，建屋安厝，餘地闢為田園，顧佃耕種，滋利養生。

民前十八年(清光緒二十年)中日甲午戰爭爆發，翌年日本割據台灣，在異族統治之初，堂務稍顯收斂，但仍設帳教習漢文，維繫民族文化。民國十三年同仁堂擬重新推展慈善工作，於是重辦財團法人登記，成立「財團法人同仁局」。除繼續助葬外，另從事救助及育才事業，以獎助或貸借學資予艋舺地區貧困子弟及救濟貧苦疾病罹災者。

民國三十年在現第二殥儀館後面「芳蘭山麓」興建「萬善同祠」一座，以收容無後嗣枯骨，供大眾奉祀。民國三十四年台灣光復，翌年廢除日文章程。民國五十二年十一月三十日改稱「同仁院」，持續以發展社會救濟，增進社會福利為宗旨。民國六十三年六月十三日重組董事會，於六十九年九月重訂「財團法人同仁院捐助暨組織章程」，以醫療及貧民施醫，增進社會福利為目的，向行政院衛生署備案。

自重組後，積極推展院務，先後與台大醫學院、台北市立療養院、台灣地區婦幼衛生中心等合作辦理公共衛生調查，在龍山區衛生所及雙園區衛生所設立醫療救助基金，每月撥款資助貧病醫療費用，贊助市立療養院成立「復旦之家」與其他熱心人士共同倡設「康復之友協會」以協助精神病患重歸社會，並對偏遠地區衛生單位，捐贈醫療器材等。

民國七十八年，本院收回中華路二段原空軍眷戶所佔用之土地，向主管機關行政院衛生署申請設立醫院，因當時台北市內一般醫院林立，且總病床數過剩，被指定為屬於限制設立一般(急性)醫院地區，加之人口結構逐漸出現高齡化趨勢，政府鼓勵增設慢性病醫療機構，故行政院衛生署於民國七十九年十月准予本院設立慢性復健醫院，董事會立即斥資開始創辦醫院，期間並同時成立醫療籌備小組聘請專業顧問參與研討規劃，於民國八十五年五月醫院完工交屋，並於九月三十日正式開業，同時向主管機關行政院衛生署申請更改醫院名稱為「財團法人同仁院萬華醫院」。